Kronologis insiden ini dimulai ketika kopilot mengaku kepada pilot bahwa dia kurang beristirahat sejak awal persiapan penerbangan pada pukul 01.25 WIB. Saat pesawat berangkat dari Jakarta ke Kendari pada pukul 03.14 WIB, pilot mempersilakan kopilot untuk beristirahat karena menyadari kondisinya yang kurang istirahat. Kopilot kemudian tidur selama sekitar 30 menit di kokpit.
Ketika pesawat tiba di Kendari, cuaca di bawah standar dan bandara belum buka, sehingga pesawat harus bertahan di udara selama 30 menit sebelum akhirnya mendarat. Selama waktu tersebut, kedua pilot bahkan sempat makan mi instan kemasan gelas di kokpit.
Kemudian, pesawat terbang kembali dari Kendari menuju Jakarta pada pukul 00.05 UTC. Namun, dalam penerbangan kali ini, pilot bertindak sebagai pilot monitoring (PM), sedangkan kopilot yang sebelumnya sudah tidur bertindak sebagai pilot flying (PF).
